Živou ukážkou najvzácnejších častí lesných ekosystémov na území CHKO Východné Karpaty sú maloplošné chránené územia: NPR Palotská jedlina, NPR Komárnická jedlina a PR Dranec. Najzachovalejšie relikty pôvodných prirodzených spoločenstiev brezových (pasienkových) porastov sú v oblasti Vyšného Komárnika.
Osobitnú zložku v CHKO Východné Karpaty tvoria staršie bukové porasty nad 120 rokov a pasienkové bučiny v okolí dedín (tzv. hlavové buky). Súčasné zastúpenie drevín je výsledkom prírodných podmienok a intenzívnej činnosti človeka, ktorá sa prejavila zmenou druhového zloženia porastov v prospech listnatých drevín na úkor jedle. Nenarušená regeneračná schopnosť lesných porastov v 13 storočí bola taká veľká že hmota spotrebovaná obyvateľmi osídleného územia sa mnohonásobne vrátila prirodzenou obnovou. Bezohľadné ničenie lesov nastalo v druhej fáze kolonizácie Slovenska (tzv. valašská kolonizácia) v 15 – 16. storočí, kedy človek začal postupne vytvárať súvislé pasienky a lúky aj na hrebeňoch.
Lesné porasty sú situované do tretieho až piateho lesného vegetačného stupňa, t. j. dubovo-bukového, bukového a jedľovo-bukového.
Najväčšie, cez 82 % zastúpenie má štvrtý lesný vegetačný stupeň s prevahou typických bučín 63 %, 15 % zastúpenie majú tzv. holé bučiny a 4 % lipové bučiny. Necelých 0,2 % zastúpenia má kamenitá lipová javorina. Okolo 17 % zastúpenia má piaty lesný vegetačný stupeň s prevahou jedľových bučín 8 %, 7 % bukové javoriny, jaseňové javoriny a javorové bučiny pod extrémnym klimatickým vplyvom javorovo-bukové horské lesy a 2 % bučiny pod extrémnym klimatickým vplyvom – kyslomilné bukové lesy. Tretí lesný vegetačný stupeň má zastúpenie 0,5 % skupín lesných typov (SLT) dubových bučín a dubových bučín s lipou. Zvyšok 0,3 % tvoria jaseňové jelšiny a jelšiny- jelše sivej.
Takmer celú výmeru porastovej plochy CHKO Východné Karpaty (19143,42 ha) pokrývajú biotopy európskeho významu. Až 92,01 % tejto lesnej plochy predstavuje najrozšírenejší biotop európskeho významu Ls 5.1 Bukové a jedľovo-bukové kvetnaté lesy.
Až 78 % lesných porastov sú pôvodné porasty, kde prírodné znaky prevyšujú znaky antropické. Nevyrovnanosť ťažieb v minulosti spôsobila vysoké % mladých lesných porastov od 1 – 40 rokov (34 %).
Hlavným hospodárskym spôsobom v hospodárskych lesoch na území CHKO Východné Karpaty je hospodársky spôsob podrastový. Hospodársky spôsob výberkový sa uplatňoval iba v prípade Výskumného objektu Nižný Komárnik na výmere okolo 800 ha. V súčasnosti sa v danej lokalite využíva hospodársky spôsob účelový, pričom toto územie je navrhované na zaradenie medzi maloplošné chránené územia.
Zdravotný stav lesov v území CHKO Východné Karpaty je dobrý, až na nepôvodný smrek obyčajný, ktorý je často napádaný koreňovkou vrstevnatou, podpňovkou smrekovou a podkôrným hmyzom. Grafióza bresta horského je minulosťou r. 1998, kedy sa rozšírila z NPR Komárnická jedlina do okolitých porastov a poškodila okolo 80 % populácie bresta horského.
Lesná dopravná sieť v rámci územia CHKO Východné Karpaty zahŕňa trvalé a dočasné sústreďovacie cesty (zvážnice) a odvozné lesné cesty spevnené. Erózia pôdy pri sústreďovaní dreva z porastov ťažkými mechanizmami triedy ŠLKT, v podmienkach východoslovenského flyšu je devastujúca bez rozdielu vlastníckych vzťahov. V priebehu pár rokov odtekajúca voda v ryhách po sústreďovacích mechanizmoch vymelie jednometrové až dvojmetrové terénne ryhy, pričom po dlhšom čase sa z niektorých stávajú rokliny.
Lesné porasty CHKO Východné Karpaty možno rozdeliť do troch skupín z hľadiska ich funkčného poslania. Prvú skupinu predstavujú produkčné (drevoprodukčné), ktorých funkčným poslaním je produkcia dreva o výmere 16 468,44 ha (86,04 %).
Druhú skupinu tvoria lesy, ktorých funkčným zameraním je zabezpečovanie špecifických potrieb spoločnosti zastúpené kategóriou lesov osobitného určenia o výmere 1643,94 ha (8,58 %).
Tretiu skupinu tvoria lesy s ekologickou funkciou, ich funkčné zameranie vyplýva z prírodných podmienok a hospodárenie v týchto lesoch je zamerané tak, aby plnili účel, na ktorý boli vyhlásené. Zastúpené sú kategóriou ochranných lesov o výmere 1031,04 ha (5,38 %), pričom v súčasnosti sa časti týchto lesných porastov pri obnove Programu starostlivosti o lesy zaradzujú medzi hospodárske, z dôvodu malého zastúpenia starších lesných porastov v jednotlivých LHC vhodných na obnovnú ťažbu.